После событий первой части черепашки-ниндзя Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло пытаются приспособиться к жизни в Нью-Йорке, скрываясь от людей и продолжая защищать город от мелких преступников. Но их размеренному существованию приходит конец, когда появляется новая угроза, с которой они не смогут справиться в одиночку.
Действие фильма разворачивается вокруг Дилана, опытного авиадиспетчера, чья работа требует абсолютной концентрации и способности принимать решения за доли секунды. Однажды во время его смены небо над аэропортом неожиданно озаряет яркая световая вспышка, после чего отказывают все навигационные приборы.