Десять лет назад во время ремонта спутника на экипаж космонавтов обрушился странный рой, появившийся из лунного кратера. Инцидент унёс жизнь одного из членов команды, а выживший Брайан Харпер так и не смог доказать НАСА, что причиной стала не техногенная катастрофа, а нечто абсолютно необъяснимое. С тех пор его карьера закончена, а официальная версия остаётся неизменной. В 2022 году всё меняется.
Снимаемый как эпичное завершение долгой истории, фильм фокусируется на трагической судьбе Джин Грей, одной из ключевых героинь вселенной Людей Икс. После того как во время спасательной миссии в космосе она оказывается поражена древней космической сущностью, её психика и мощь выходят из-под контроля, порождая новую, опасную личность — Тёмного Феникса.