Действие разворачивается в 5012 году. После столкновения с инопланетными захватчиками и их созданием — механической формой жизни, известной как «Машины», — человечество вынуждено бежать на Луну. Остатки цивилизации готовят контратаку, но биться с невидимым врагом на опустошённой Земле предстоит не людям, а элитным воинам-андроидам из подразделения YoRHa.
Действие разворачивается на далекой планете Гифт, чьи недра буквально пронизаны уникальными энергетическими кристаллами под названием Гифтиум, которые являются основным источником благосостояния всех местных поселений. Юный Сого живет в скромном шахтерском городке Сад Индиго и с детства увлекается поиском редких образцов кристаллов, которые он собирает в своей личной коллекции.