Продолжение культового триллера переносит зрителя в мир, где инопланетная угроза стала ещё изощрённее. Гадкий, отвратительный монстр, прибывший из глубин космоса, продолжает свой чудовищный план по порабощению планеты. Его уникальная способность — паразитировать в человеческих телах, полностью подчиняя их волю и используя как временные оболочки для дальнейшего распространения.
После событий второй части саги, когда команда «Энтерпрайза» победила Хана и создала молодую планету Генезис, для капитана Джеймса Керка не осталось радости от победы — он потерял своего ближайшего друга и первого офицера Спока, который пожертвовал собой, чтобы спасти корабль и экипаж. Дополнительно капитан беспокоится о состоянии доктора Мак-Коя: после контакта с разумом Спока, временно...