Фильм стал отправной точкой для одной из самых прибыльных кинофраншиз вселенной Marvel, подарившей зрителям знакомых по комиксам персонажей в реалистичном сеттинге конца 90-х. Мутанты — люди, рожденные с уникальными генетическими мутациями, дарящими невероятные способности, — сталкиваются с дискриминацией и страхом обычного общества, которое считает их угрозой.
В порту Сан-Франциско пришвартовывается грузовое судно, прибывшее из Гонконга. На его борту оказывается загадочный пассажир по имени Тоби Вонг, который бежит от влиятельной корпорации Леунг и ищет свободу на территории США. Его побег не остается незамеченным: за беглецем сразу же начинают охотиться наемники, действующие по прямому приказу руководства корпорации.
После событий первой части Шон, невольно ставший носителем могущественного инопланетного оружия — Гайвера, страдает от навязчивых и пугающих снов. Эти видения, напоминающие чертежи, настойчиво направляют его к отдалённому месту археологических раскопок в пустыне, где когда-то был обнаружен загадочный инопланетный корабль.