Фильм «Команданте» переносит зрителя в один из самых драматичных эпизодов Второй мировой войны — Атлантическую кампанию. Октябрь 1940 года. В нейтральных водах итальянская подлодка под командованием капитана-лейтенанта выходит на след загадочного торгового судна, движущегося в темноте без единого огня. Это нарушение правил нейтралитета становится поводом для атаки.
Действие фильма разворачивается в современных римских кварталах, главный герой Энзо — мелкий вор и мошенник, который промышляет мелкими кражами, живет на старой барже на реке Тибр и пытается избежать как правоохранительных органов, так и кредиторов из криминального мира, у него есть только пожилая мать, которую он старается содержать на свои скудные доходы.