Команда Скуби-Ду вместе с неразлучным Шэгги, Фредом, Дафной и Велмой попадает на осенний Праздник урожая в родной город писателя романов ужасов Бена Рэйвенкрофта, с которым они недавно познакомились. Автор пригласил компанию на фестиваль, чтобы показать им места, вдохновившие его на создание самых жутких сюжетов, но вместо спокойного отдыха друзей ждёт настоящее мистическое приключение.
После триумфального возвращения с Вулкана команда капитана Кирка сталкивается не с наградами, а с суровыми последствиями своих действий: угнанный и уничтоженный «Энтерпрайз», саботаж «Эксцельсиора» и обвинения в неподчинении. Но куда более страшная угроза нависает над Землей — огромный инопланетный корабль, посылающий в космос загадочные сигналы на языке китов, вымерших к XXIII веку.