Вторая часть популярной франшизы про юных ниндзя продолжает историю трех братьев — Рокки, Колта и Тума-Тума, которые уже освоили основы ниндзюцу под руководством своего дедушки, известного мастера боевых искусств. Когда друзья узнают, что пожилой наставник попал в беду во время поездки в Японию, они немедленно отправляются за ним, не подозревая, какие опасности ждут их в стране восходящего солнца.
Сержант Крис Левис, ветеран отдела нравов Лос-Анджелеса с репутацией жесткого, но принципиального сотрудника, берется за дело о похищении шестилетней японской девочки. В процессе расследования основная версия приводит его к сутенеру по прозвищу Кинджайт, за которым полиция уже много лет ведет наблюдение, но не может собрать достаточно улик для обвинения.