Глубоко в недрах подземного мира, известного как Мир Шахты, существует общество людей, рождённых и выросших в полной темноте. Они не знают солнца, не видят звёзд и верят лишь в железную дисциплину, навязанную роботами-надсмотрщиками. Их жизнь — это бесконечный, изматывающий труд на добычу рубидимитовых кристаллов для безликого повелителя по имени Зайгон.
После событий второй части саги, когда команда «Энтерпрайза» победила Хана и создала молодую планету Генезис, для капитана Джеймса Керка не осталось радости от победы — он потерял своего ближайшего друга и первого офицера Спока, который пожертвовал собой, чтобы спасти корабль и экипаж. Дополнительно капитан беспокоится о состоянии доктора Мак-Коя: после контакта с разумом Спока, временно...