После событий первой части черепашки-ниндзя Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло пытаются приспособиться к жизни в Нью-Йорке, скрываясь от людей и продолжая защищать город от мелких преступников. Но их размеренному существованию приходит конец, когда появляется новая угроза, с которой они не смогут справиться в одиночку.
Дiana, выжившая в ходе трагической перестрелки в американском колледже, пытается построить обычную жизнь: она замужняя домохозяйка, воспитывающая дочь. Однако её настоящее постоянно пронизано призраками прошлого. Воспоминания возвращают её в роль старшеклассницы, где она вместе с застенчивой подругой Морин жила типичными мечтами о будущем.