Фильм «Бунраку» переносит зрителя в фантазийный мир, где архитектура и атмосфера напоминают живую комикс-страницу и театр марионеток бунраку. Действие разворачивается в изолированном городе, который десятилетиями живёт по законам жестоких кланов. Сюда, скитаясь по пустыне, прибывает таинственный бродяга без памяти, чьё прошлое скрыто в тумане.
1942 год. На фоне тотальной войны и бесчеловечной машины нацистского режима разворачивается личная драма Курта Герстейна, офицера СС, ответственного за поставки цианистого калия в лагеря смерти. Шокированный масштабами происходящего, он принимает рискованное решение — через дипломатические каналы передать информацию о «окончательном решении» в Ватикан.