После событий первой части черепашки-ниндзя Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло пытаются приспособиться к жизни в Нью-Йорке, скрываясь от людей и продолжая защищать город от мелких преступников. Но их размеренному существованию приходит конец, когда появляется новая угроза, с которой они не смогут справиться в одиночку.
