Действие разворачивается в 1580 году, в разгар европейских религиозных конфликтов и эпидемии чумы. Юный сирота Бальтазар Кобер оказывается под опекой учителя, увлечённого кабалистикой и алхимией. Эта среда становится отправной точкой для его необыкновенного путешествия, где граница между сном и явью, между инсценированным спектаклем и суровой реальностью, постоянно стирается.
Гениальный польский хирург Рафал Вильчур переживает трагедию, которая разом отбирает у него всё: в один день уходят жена и маленькая дочь, а сам он оказывается на улице без денег и документов. Несколько лет он скитается по стране, перебивается случайными заработками, но не теряет профессиональных навыков и продолжает помогать тем, кто не может получить медицинскую помощь официальным путём.