Ларри Дэйли, ставший ночным сторожем Музея естественной истории в Нью-Йорке, уже привык к необычным соседям — оживающим экспонатам. Но теперь его друзья-ископаемые, исторические личности и доисторические звери начинают вести себя беспорядочно и исчезать. Причина кроется в древнеегипетской золотой пластине, которая дарует им жизнь, но постепенно разрушается.
После событий первого фильма охранник Ларри полностью освоился в своей необычной должности: его ночные подопечные — от скелета динозавра до воинов Гражданской войны, от миниатюрных ковбоев до самого Теодора Рузвельта — уже давно перестали быть для него просто экспонатами, а стали настоящей необычной семьей.
Ларри Далли, мечтающий о стабильной работе, соглашается на вакансию ночного сторожа в огромном естественнонаучном музее. Его первая смена обещает быть скучной и однообразной, однако уже в полночь начинается невообразимое: экспонаты, включая воина-саркофага, доисторического существа и восковые фигуры президентов, буквально оживают.