Действие разворачивается в Японии в 1940-е годы, в период, когда Тихоокеанская война уже изменила жизни многих. Махито, потеряв мать в пожаре Токио, вынужден переехать в родовое имение отца, где его ждёт нелёгкая адаптация. Отец, занятый на оборонном заводе, почти не бывает дома, оставляя сына с беременной мачехой и пожилыми слугами.
В одном из тихих пригородных домов, среди пышных садов и старинной мебели, скрывается целый мир, невидимый глазом человека. Это мир крошечных существ — лилипутов, которые веками выживают, осторожно «одалживая» у людей мелкие предметы: булавки, кусочки мыла, крошки сахара. Их жизнь — это постоянный баланс между необходимостью и страхом быть обнаруженными.