Фильм основан на реальной истории Кэтрин Болковяк, американской полицейской, которую в 1990-е годы направили работать в миссию ООН в послевоенной Боснии. В стране, разоренной военными действиями и погруженной в хаос, она случайно сталкивается с фактами массовой торговли женщинами и несовершеннолетними девочками, которых привозят из Восточной Европы для принудительной проституции.
Фильм «Бунраку» переносит зрителя в фантазийный мир, где архитектура и атмосфера напоминают живую комикс-страницу и театр марионеток бунраку. Действие разворачивается в изолированном городе, который десятилетиями живёт по законам жестоких кланов. Сюда, скитаясь по пустыне, прибывает таинственный бродяга без памяти, чьё прошлое скрыто в тумане.