Фильм «Ямато» — это глубокая историческая драма, посвящённая судьбе самого крупного линкора Императорского флота Японии, ставшего для нации символом как мощи, так и трагизма последних месяцев Второй мировой войны. История начинается с прибытия молодой женщины Макико Утида в южный порт Японии. Её цель — найти судно, которое могло бы доставить её к тому месту в море, где шестьдесят лет назад...
1870-е годы. Япония находится на переломном моменте истории — эпоха Мэйдзи, когда страна, открывшись миру, стремительно модернизируется, отбрасывая тысячелетние самурайские устои. Капитан американской армии Нейтан Олгрен, ветеран индейских войн, соглашается на высокооплачиваемый контракт: обучить императорские войска европейской тактике, чтобы подавить последнее восстание самураев.