Действие этого аниме-сериала разворачивается в закрытой элитной школе для девочек святой Лилианы, основанной в 1902 году в районе Мусасино под Токио. Учебное заведение хранит многовековые традиции, одной из которых является уникальная «система сестёр»: старшеклассницы обязаны опекать младших учениц так, как если бы они были родными сёстрами, передавая им школьные обычаи, помогая в учебе и быту.
Действие «Дивергенции Евы» разворачивается в недалеком будущем, когда межгалактические путешествия перестали быть футуристической фантазией и стали обыденностью для человечества. На дальних окраинах освоенного космоса работают специализированные аванпосты, одно из которых уникально: оно построено вокруг экспериментального временного портала, открывающего доступ к ранее неизведанным уголкам...