Обычное ограбление банка в центре Лос-Анджелеса оборачивается целой чередой трагедий, когда в перестрелке погибает один из грабителей, который оказывается сыном влиятельного босса мафии Винсента Слоана. Владелец криминального бизнеса не собирается мириться с потерей близкого человека и отдает приказ уничтожить всех полицейских, которые принимали участие в операции по задержанию грабителей.
В канун Рождества эксцентричный мускулистый миллионер Торн вместе с друзьями устраивает в городе шалости: он бегает по улицам в военной форме и пугает прохожих и полицейских оружием, стреляющим краской. Сотрудники правоохранительных органов, уставшие от хулиганства богача, загоняют его в ближайший супермаркет, и чтобы скрыться от погони, Торн накидывает на себя случайно попавшийся костюм...
После аварии космического шаттла, упавшего в воды у западного побережья США, спасатели поднимают из волн пятерых астронавтов — кажется, что катастрофа обошлась без человеческих жертв, и экипаж получил только незначительные повреждения. Но уже в первые часы после доставки на военную базу становится ясно: с возвратившимися астронавтами что-то не так.
После триумфального возвращения с Вулкана команда капитана Кирка сталкивается не с наградами, а с суровыми последствиями своих действий: угнанный и уничтоженный «Энтерпрайз», саботаж «Эксцельсиора» и обвинения в неподчинении. Но куда более страшная угроза нависает над Землей — огромный инопланетный корабль, посылающий в космос загадочные сигналы на языке китов, вымерших к XXIII веку.
После событий второй части саги, когда команда «Энтерпрайза» победила Хана и создала молодую планету Генезис, для капитана Джеймса Керка не осталось радости от победы — он потерял своего ближайшего друга и первого офицера Спока, который пожертвовал собой, чтобы спасти корабль и экипаж. Дополнительно капитан беспокоится о состоянии доктора Мак-Коя: после контакта с разумом Спока, временно...