Это мрачная, совсем не детская адаптация старинной сказки о Красной Шапочке, где знакомая с раннего возраста история получает острые, опасные обороты. Действие разворачивается в деревушке на краю темного леса, где уже долгое время происходят загадочные убийства: местные жители находят растерзанные тела, и все подозревают, что в округе скрывается оборотень.
Фильм завершает оригинальную трилогию о людях Икс, разрабатывая центральную тему борьбы за выживание и принятие. События разворачиваются после того, как Джин Грэй, казалось бы, погибла, но возвращается с невероятной, неподконтрольной силой Тёмного Феникса. Эта сущность, рождённая из её подавленных психических травм и космической энергии, представляет собой силу, способную стереть жизнь с планеты.
После событий первого фильма положение мутантов в обществе становится только хуже: большинство людей по-прежнему боятся носителей сверхспособностей, а власти активно продвигают идею обязательной регистрации всех, кто отличается от остальных. На фоне этого нарастающего напряжения появляется Уильям Страйкер — бывший военный, который годами тайно проводил эксперименты над мутантами и теперь хочет...
Двадцать лет назад Джонси, Генри, Пит и Бивер, мальчишки из провинциального городка в штате Мэн, совершили смелый поступок, защитив от насмешек странного и одинокого ребенка по имени Даддитс. За это они получили неожиданный дар — необъяснимые extrasensorные способности и крепчайшую духовную связь, названную ими «братством».