Действие разворачивается в Японии в 1940-е годы, в период, когда Тихоокеанская война уже изменила жизни многих. Махито, потеряв мать в пожаре Токио, вынужден переехать в родовое имение отца, где его ждёт нелёгкая адаптация. Отец, занятый на оборонном заводе, почти не бывает дома, оставляя сына с беременной мачехой и пожилыми слугами.
В тихой рыбацкой гавани, где время течёт медленнее, плавает старая лодка — дом для матери Никуко и её дочери Коко. Их жизнь на воде полна простых радостей и повседневных забот, но за внешней гармонией скрывается глубокая тайна, которую девочка интуитивно чувствует. Никуко — женщина с ярким, свободолюбивым характером, чьё прошлое кажется далёким и необъяснимым для окружающих.
Лето у бабушки в глухой деревне, где нет ни одного ребёнка, кажется десятилетней Мэри бесконечным наказанием. Каждый день сливается с предыдущим, пока девочка, преследуя проказливого кота, не забредает в лесную чащу. Там среди обычных растениий она замечает необычный цветок с тёмными лепестками, известный как «ведьмин глаз».
В одном из тихих пригородных домов, среди пышных садов и старинной мебели, скрывается целый мир, невидимый глазом человека. Это мир крошечных существ — лилипутов, которые веками выживают, осторожно «одалживая» у людей мелкие предметы: булавки, кусочки мыла, крошки сахара. Их жизнь — это постоянный баланс между необходимостью и страхом быть обнаруженными.