Сан-Франциско погружается в панику после серии жестоких убийств, каждое из которых является точной копией преступлений, совершённых разными серийными убийцами в разных городах и в разное время в прошлом. Местная полиция оказывается в тупике: у преступника нет очевидных мотивов, нет явных связей между жертвами, а единственная общая черта всех дел — подражание уже раскрытым делам маньяков.
После триумфального возвращения с Вулкана команда капитана Кирка сталкивается не с наградами, а с суровыми последствиями своих действий: угнанный и уничтоженный «Энтерпрайз», саботаж «Эксцельсиора» и обвинения в неподчинении. Но куда более страшная угроза нависает над Землей — огромный инопланетный корабль, посылающий в космос загадочные сигналы на языке китов, вымерших к XXIII веку.