Действие разворачивается в 1927 году, в период напряжённой борьбы на Дальнем Востоке. Секретные документы, перевозимые по маршруту Транссибирской магистрали, становятся объектом желания для нескольких сил: иностранных разведок, стремящихся подорвать молодое советское государство, и криминальных группировок, готовых на всё ради выгоды.
Фильм «Балканский рубеж» переносит зрителя в один из самых напряженных моментов современной истории — Косовский кризис 1999 года. Действие разворачивается вокруг реальных событий, когда российский миротворческий контингент, действуя в рамках международных соглашений, столкнулся с резко изменившейся ситуацией после бомбардировок НАТО.
Молодая девушка Мария Лялина становится жертвой покушения — улик и свидетелей не находится. Когда последняя ниточка расследования обрывается её смертью в больнице, скучное дело неожиданно оживает. К следователю Следственного комитета Волгину приходит игуменья Прасковья с потрясающей вестью: Мария жива и скрывается под защитой монастырских стен, сбежав из больницы, инсценировав гибель.