Гийермо дель Торо создаёт поэтическую и пронзительную притчу о любви и одиночестве на фоне холодной войны. Действие разворачивается в 1962 году в засекреченном правительственном учреждении, где под руководством безжалостного полковника работает молчаливая Элайза. Её мир ограничен жестами, работой и соседом по квартире, пока в лабораторию не доставляют странное существо из южноамериканских вод.
В глубинке США, в тихом городке Миддлтаун, обычная фермерская жизнь рушится из-за странной болезни, выкашивающей стадо Клайда. Отчаянный фермер, боясь уничтожения всего скота ветеринарами, решает скрыть гибель коров. Но его тайна находит свидетельство в лице стаи ворон, которые, объевшись заражённых трупов, сами становятся носителями смертельной мутации.