Мир этого аниме построен по строгим правилам алхимии — науки, позволяющей преобразовывать материю, но требующей равнозначного обмена за любое действие. Запрет на создание живого человека существует не просто так: когда братья Эдвард и Альфонс Элрики, дети талантливого алхимика, решили вернуть к жизни свою умершую мать, они столкнулись с страшными последствиями.
Действие разворачивается в 1889 году, спустя тринадцать лет после трагического переворота в королевстве Тортес, когда было уничтожено древнее оружие — Вавилонская Башня, управлявшееся Камнем Голубая Вода. Это событие не только стёрло с лица земли целое королевство, но и раскололо оставшихся в живых на два враждующих лагеря.
Это экранизация первой сюжетной арки знаменитой манги, которая вышла за год до премьеры аниме и сразу завоевала популярность у читателей по всему миру. Сюжет строится вокруг частного детектива Рё Саэбы, который работает в собственном агентстве и обычно берется за поиск пропавших людей, а также за разбор мелких проблем клиентов, среди которых немало миловидных девушек.