После событий первой части, когда кукла-гуманоид М3ГАН была уничтожена, её создательница Джемма не может смириться с утратой. Она тайно восстанавливает своего опасного творения, чтобы дать отпор новой угрозе. На сцену выходит Амелия — передовая военная разработка в области искусственного интеллекта, созданная корпоративным подрядчиком, который похитил исходные технологии М3ГАН.
На удалённой военной базе, где стоит последняя линия обороны США от ядерного удара, разворачивается смертельно опасная игра. Капитан Джей Джей Коллинз, прошедший череду сложных миссий, сталкивается с беспрецедентным вызовом: группа хорошо вооружённых диверсантов захватывает контроль над системой запуска шестнадцати межконтинентальных баллистических ракет.